Bár az ázsiai zöld kagyló az indonéz gazdaság számára áldás, két komoly környezeti kihívás is kötődik hozzá.
-
Vízszennyezés: Mivel a kagylók vizet szűrve táplálkoznak, az erősen iparosodott, szennyezett területeken (mint a Jakarta-öböl) felhalmozhatják a nehézfémeket és a méreganyagokat. Emiatt a kutatók igyekeznek a tenyésztést tisztább, vidéki partszakaszokra (például a közép-jávai Demak régióba) áthelyezni, ahol a fogyasztásuk teljesen biztonságos.
-
Inváziós faj: Míg Indonéziában őshonos, a világ más részein (például Ausztráliában vagy a Karib-térségben) agresszív kártevőként tartják számon. A nemzetközi teherhajók ballasztvizével, illetve a hajótestekre tapadva könnyen behurcolják új élőhelyekre, ahol sűrű telepeket alkotva kiszorítja a helyi fajokat, és eltömíti a kikötői infrastruktúrát.
Indonéziai Jakarta-öbölben több ezer család került adósságcsapdába a zöld kagyló halászatával, amely az egyre szennyezettebb vizekben az utolsó fennmaradt élőlények egyike. Ám ahogy az öböl egyre kevesebb zsákmányt kínál, hiteleik hólyagként növekednek, és így végtelen adósságkörforgásba kényszerítik őket. Ez pedig visszaszorítja őket azokba a mérgező vizekbe, amelyek már az öböl kagylóállományának kétharmadát elpusztították.